Laboratoire de référence pour Escherichia coli

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Services offerts

Formulaire de soumission pour les profils détaillés

Pathotypage (analyse PCR de l’échantillon)

– Porc (diarrhée)
– Porc (maladie de l’oedème)

– Boeuf (diarrhée ou septicémie)
– Boeuf (gastro-entérite paralysante)

– Volaille (colisepticémie)

– Chien et chat (diarrhée)
– Chien et chat (tractus urinaire)
– Chien (colite granulomateuse)

– Lapin

– Toutes les espèces (diarrhée)
– Toutes les espèces (échantillons extra-intestinaux)

Virotypage (analyse PCR d’une souche)

– Toxines (LT, STa, STb, Stx1, Stx2, CNF, EAST1, CDT, Aérobactine, Tsh)
– Fimbriae (F4, F5, F6, F17, F18, F41, fimbriae P, fimbriae S, fimbriae F1)
– Adhésines (Afa, Eae, Paa, AIDA)

– Volaille (profil élargi) (Aérobactine (iucD/iutA), iroN, iss, hlyF, ompT, Tsh, P, CNF, kpsMII, hra, EAST1, cvaC, sitA, ireA, fyuA)

Analyses PCR diverses (sur demande)

– Sous-typage des variants F4 (ab/ac/ad)
– Sous-typage des variants F18 (ab/ac)
– Sous-typage du fimbriae P (papA : F7 à F16 et F165) (papG : GI, GII, GIII)

– Sous-typage des variants Stx1 et Stx2

– Groupe phylogénétique (E. coli A, B1, B2, D, E, F, G)

– Détection/confirmation O157
– Certains sérogroupes O (ex. O1, O2, O26, O45, O78, O103, O111, O121, O139, O141, O145, O147, O149, etc.)
– Certains antigènes H (fliC) (ex. H7, H10, H43)

Sérotypage O :H

Maintenant offert exclusivement par séquençage du génome complet (WGS), voir ci-bas. Ce passage au WGS pour la sérotypie est justifié par de meilleures performances. Ainsi, le WGS permet premièrement de détecter tous les sérotypes O connus (O1 à O188, sauf O14 et O57) contre seulement 88 sérotypes par agglutination sur lame. De plus, la détermination du O est obtenue chez environ 98% des isolats testés comparativement à 79% des isolats par agglutination sur lame et ce résultat obtenu par WGS est 98% identique à celui obtenu par agglutination sur lame. Ensuite, la détermination du sérotype O chez les isolats auto-agglutinants (environ 6% des isolats) est maintenant possible, contrairement à l’agglutination sur lame.

Détermination de la Concentration Minimale Inhibitrice (CMI) par Sensititre

– NARMS Gram Negative CMV4AGNF
– BOPO7F (bovin ou porcin)
– AVIAN1F (aviaire)
– EQUIN1F (équin)
– COMPGN1F (animaux de compagnie)
– CMVAMAF (mammite bovine)
– ESB1F (bêta-lactamase à spectre étendu)

Séquençage du génome complet (WGS) (toutes les espèces)

Les informations obtenues par WGS permettent l’identification et la caractérisation des isolats avec précision et rapidité. Toutes ces informations mises ensembles permettent une meilleure détermination du potentiel de pathogénicité des isolats et l’évaluation de leur potentiel zoonotique.

Ainsi, le rapport d’analyse détaillé du WGS* contient :

– le genre et l’espèce bactérienne,
– le pathotype (ex. ETEC, STEC (VTEC), ExPEC, EPEC, APEC, etc)
– le groupe phylogénétique,
– le ST (MLST)
– le sérotype O:H,
– le virotype (basé sur la recherche de plus de 300 gènes de virulence),
– la prédiction profil de résistance aux antimicrobiens et aux désinfectants (basé sur la recherche de plus de 2000 gènes de résistance et de leurs variants et/ou de mutations conférant une résistance),
– un arbre phylogénétique comparant votre isolat avec des isolats de référence provenant de la même espèce (lorsque disponible).

*Les séquences brutes (en format fastq et fasta) peuvent être fournies sur demande.

De plus, sur demande et sous certaines conditions, une analyse personnalisée et selon vos besoins spécifiques (ex. aide à la formulation et suivi de vaccin autogène (autovaccin), le pistage d’isolats provenant d’une même lignée clonale en cas d’éclosion) peut être réalisée.

Collection de souches Escherichia coli

La collection de souches Escherichia coli du Laboratoire EcL compte plus de 10,000 souches d’E. coli isolées depuis 1981 et provenant de cas cliniques de différentes espèces animales.

Le Laboratoire EcL possède aussi une collection de différentes souches E. coli de référence et de contrôle PCR, disponibles sur demande.

Espèces animales de provenance :

Porc, Bovin, Aviaire (Poulet, Dinde, Canard), Ovin, Caprin, Équin, Lapin, Chien, Chat, animaux sauvages, animaux exotiques.

Organes :

Iléon, côlon, fèces, foie, poumon, cœur, péricarde, sac vitellin, sac aérien etc.

Signes cliniques observés ou maladie :

Diarrhée, mort subite, maladie de l’œdème (porc), dysenterie hémorragique (bovin), colisepticémie (aviaire), aérosacculite (aviaire), maladie du tractus urinaire (chien, chat), septicémie, omphalite (aviaire), gastro-entérite paralysante (bovin), colite granulomateuse (chien), présence dans des organes extra-intestinaux.

Pathotypes disponibles :

–E. coli entérotoxinogène (ETEC)  

-incluant les ETEC :F4, ETEC :F18, ETEC :F5, ETEC :F41, ETEC :F17, etc.

–E. coli produisant des Shiga toxines (STEC) ou E. coli vérotoxinogène (VTEC)

-incluant E. coli entérohémorragique (EHEC) et E. coli de la maladie de l’œdème (EDEC)

–E. coli entéropathogène (EPEC)

–E. coli extra-intestinal (ExPEC)

-incluant E. coli aviaire (APEC) et E. coli uropathogène (UPEC), et E. coli septicémique (SEPEC)

–E. coli entéro-aggrégatif (EAEC)

-Autres pathotypes spécifiques sur demande (CDEC, DAEC, etc.)

Pour obtenir l’une ou plusieurs de ces souches, l’Université de Montréal demande la signature d’un Accord de transfert de matériel (ATM), qui stipule que la ou les souche(s) doivent être utilisées à des fins de recherche seulement et qu’elles ne doivent en aucun cas être utilisées à d’autres fins ou remises à un tiers sans autorisation écrite de l’Université de Montréal.

De plus, une preuve de la conformité de vos installations et de vos opérations équivalant à un niveau de confinement 2 de la part de votre instance gouvernementale ou institutionnelle vous sera demandée.

Finalement, vous pourriez devoir demander un permis d’importation s’il s’agit d’un envoi international.

Notre équipe