Service de séquençage génomique

Le service de séquençage génomique vous offre un service très flexible et varié qui saura combler vos objectifs.

Du séquençage de génome complet de bactéries et virus, au projet de recherche complexe, incluant les analyses bio-informatiques si nécessaires, notre service clé en main saura satisfaire vos besoins.

Répartis dans 3 laboratoires selon l’expertise souhaitée, ce service compte quatre séquenceurs à haut débit avec des technologies de pointe, soit le MiSeq et le iSeq100 de Illumina, le S5 Prime de Ion Torrent et le MinION de Nanopore.

Selon la nature de votre projet, nous vous invitons à contacter les responsables appropriés suivants qui sauront discuter avec vous de l’orientation de votre projet et des options disponibles :

*Pathogènes ciblés*	*Contact*	*Courriel*
E.coli et entérobactéries (Salmonella, Yersinia, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, etc.)	Ghyslaine Vanier	ghyslaine.vanier@umontreal.ca
A. pleuropneumoniae, Glaesserella (Haemophilus) parasuis, S.suis et autres pathogènes bactériens du porc	Sonia Lacouture	sonia.lacouture@umontreal.ca
Autres séquençages bactériens ou viraux (sur demande) et métagénomique (ex : microbienne, microbiome, RNAseq, Ampliseq…)	Marika Koszegi	marika.koszegi@umontreal.ca

Services offerts

Service de séquençage

Le service offert implique plusieurs appareils et/ou analyses tels que :

- MiSeq (Illumina)
- iSeq100 (Illumina)
- S5 Prime (Ion Torrent)
- MinION (Nanopore)
- Bioanalyzer
  - Appareil permettant de vérifier la qualité et la quantité des librairies, de l’ADN et de l’ARN
- QIAxcel
  - Appareil permettant de vérifier la qualité et la quantité des librairies, ainsi que l’analyse sur gel d’ADN et d’ARN
- Microbiome 16S
  - Kit principalement utilisé : QIAseq 16S/ITS Screening Panel, qui permet de séparer 6 amplicons en 3 pools qui, ensemble, peuvent couvrir l’ensemble du gène ribosomal 16S. De plus, le panneau de criblage QIAseq 16S / ITS contient des amorces pour ITS afin d’amplifier l’ADN fongique
- MicroRNA
  - Séquençage de petits fragments d’ARN cellulaires qui empêchent la production d’une protéine particulière en se liant à l’ARN messager et en le détruisant
- AmpliSeq
  - Séquençage d’une préamplification d’un certain nombre de gènes ciblés ou région génique prédéfinie
- RNASeq
  - Séquençage aléatoire du transcriptome
- Métagénomique (virome)
  - Séquençage du contenu génétique total d’un échantillon, puis comparaison des séquences obtenues avec des bases de données de microorganismes
- De novo
  - Assemblage des séquences génomiques sans référence
- Reséquençage
  - Assemblage des séquences génomiques avec une référence.

Analyses bio-informatiques

Nous pouvons vous fournir un service complet d’analyses bio-informatiques. Ce service utilise principalement deux programmes d’analyse, soit le CLC Genomic Workbench et le Geneious Prime.Plusieurs options d’analyses sont disponibles telles que:

- Assemblage de génome
  - De novo
    - - Assemblage des séquences génétiques sans référence
  - Reséquençage
    - - Assemblage des séquences génétiques avec référence
  - Ajout d’annotations
    - - Identification de l’emplacement des gènes et de toutes les régions codantes d’un génome
  - Plasmides
- MLST / cgMLST
  - Typage de séquences multi-focus (MLST) : typage de plusieurs loci permettant la caractérisation d’isolats d’espèces microbiennes en utilisant les séquences d’ADN de fragments internes de plusieurs gènes de ménage
  - Détermination du sérotype O :H, et la détermination du groupe phylogénétique des E.coli
- PFGE
  - Électrophorèse sur gel à champ pulsé : Type d’empreinte d’ADN pour un isolat bactérien
- Gènes de résistance aux antimicrobiens
  - Portion d’ADN codante permettant la survie d’un organisme face à une exposition aux antibiotiques
  - Mutations ponctuelles connues pour engendrer des résistances aux antimicrobiens
- Gènes codants pour les facteurs de virulence
  - Portion d’ADN codante d’un agent infectieux qui contribue à son caractère pathogène pour l’hôte infecté
- Arbres phylogénétiques
  - Arbre schématique qui montre les relations de parenté entre les organismes comparés
- Alignements génétiques
  - Comparaison de séquences génétiques de plusieurs souches virales ou de différents organismes
- Analyses métagénomiques
  - 4 bases de données différentes :
    - - Kraken Metagenomics par BaseSpace Labs
      - Microbial Genome Database par CLC Genomic Workbench
      - NCBI reference par Taxonomic Profiling Index – CLC Genomic Workbench
      - Nucleotide (GenBank) par NCBI

Publications

Pesant M-J, Ferrell S, Köszegi M, Baby V, Grenier Saint-Sauveur V, Valle Tejada C, Lair S, Gagnon CA. Complete genome sequence of a Circovirus pigeon strain in lymphocyte-depleted bursa of Fabricius of a Common Raven (Corvus corax). Microbiol Resour Announc. 2024 Oct 10;13(10):e0037824. doi: 10.1128/mra.00378-24. Epub 2024 Aug 30. PMID: 39210516.

O’Dowd K, Isham IM, Vatandour S, Boulianne M, Dozois CM, Gagnon CA, Barjesteh N, Abdul-Careem MF. Host Immune Response Modulation in Avian Coronavirus Infection: Tracheal Transcriptome Profiling In Vitro and In Vivo. Viruses. 2024 Apr 14;16(4):605. doi: 10.3390/v16040605. PMID: 38675946.

Burgher-Pulgaron Y, Provost C, Alvarez F, Meza-Serrano E, Pesant MJ, Price CA,Gagnon CA. DUSP1 mRNA modulation during porcine circovirus type 2 and porcine reproductive and respiratory syndrome virus co-infection regulates viruses replication. Virus Res. 2024 Jan 2;339:199282. doi: 10.1016/j.virusres.2023.199282. Epub 2023 Dec 1. PMID: 37995964; PMCID: PMC10711501.

Burgher Pulgaron Y, Provost C, Pesant MJ, Gagnon CA. Porcine Circovirus Modulates Swine Influenza Virus Replication in Pig Tracheal Epithelial Cells and Porcine Alveolar Macrophages. Viruses. 2023 May 20;15(5):1207. doi: 10.3390/v15051207. PMID: 37243291; PMCID: PMC10222781.

Gagnon CA, Bournival V, Koszegi M, Nantel-Fortier N, St-Sauveur VG, Provost C, Lair S. Cross-Canada Disease Report. Quebec : Avian pathogens identification and genomic characterization: 2021 annual review of the Molecular Diagnostic Laboratory, Université de Montréal. Can Vet J. 2022 May;63(5):486-490. PMID: 35502259;

Elshafiee EA, Hassan MSH, Provost C, Gagnon CA, Ojkic D, Abdul-Careem MF. Comparative full genome sequence analysis of wild-type and chicken embryo origin vaccine-like infectious laryngotracheitis virus field isolates from Canada. Infect Genet Evol. 2022 Aug 14;104:105350. doi: 10.1016/j.meegid.2022.105350. Epub ahead of print. PMID: 35977653.

Gagnon CA, Provost C, Lair S. Coding-Complete Genome Sequence of a Falcon aviadenovirus A Strain Associated with Necrotizing Hepatitis in an American Kestrel (Falco sparverius). Microbiol Resour Announc. 2022 Mar 17:e0000922. doi: 10.1128/mra.00009-22 . Epub ahead of print. PMID: 35297683.

Bourque L, Nielsen O, Jager M, Ojkic D, Provost C, Gagnon CA, Lockerbie B, Snyman H, Stevens B, Needle D, Nakagun S, Cox S, Khodadad J, Jones MEB. In situ hybridization and virus characterization of skunk adenovirus in North America wildlife reveals multisystemic infections in a broad range of hosts. J Wildl Dis. 2022 Feb 1. doi: 10.7589/JWD-D-21-00099. Epub ahead of print. PMID: 35104340.

Gagnon CA, Fairbrother JM et Lair S. Bilan 2020 : Identification des pathogènes aviaires au Québec grâce à l’utilisation de tests moléculaires Le Veterinarius +, numéro 25, vol. 37 no 2, printemps 2021; pages 1-4.

Savard C, Provost C, Ariel O, Morin S, Fredrickson R, Gagnon CA, Broes A, Wang L. First report and genomic characterization of a bovine-like coronavirus causing enteric infection in an odd-toed non-ruminant species (Indonesian tapir, Acrocodia indica) during an outbreak of winter dysentery in a zoo. Transbound Emerg Dis. 2021 Aug 24. doi: 10.1111/tbed.14300. Online ahead of print. PMID: 34427399

Xie J, Vereecke N, Theuns S, Oh D, Vanderheijden N, Trus I, Sauer J, Vyt P, Bonckaert C, Lalonde C, Provost C, Gagnon CA, Nauwynck H. Comparison of primary virus isolation in pulmonary alveolar macrophages and four different continuous cell lines for type 1 and type 2 porcine reproductive and respiratory syndrome virus. Vaccines. 2021. Jun 3; 9(6):594

Morice P, Allano M, Provost C, Fairbrother J-H, Gagnon CA, Sauvé F. Whole genome sequencing of methicillin-resistant and methicillin-sensitive Staplylococcus aureus isolated from 4 horses in a veterinary teaching hospital and its ambulatory service. Can J Vet Res. 2021. 85(3):218-223

de Lagarde M, Vanier G, Arsenault J, Fairbrother JM. High Risk Clone: A Proposal of Criteria Adapted to the One Health Context with Application to Enterotoxigenic Escherichia coli in the Pig Population. Antibiotics. 2021. 10(3), 244.

Perez Contreras A, van der Meer F, Checkley S, Joseph T, King R, Ravi M, Peters D, Fonseca K, Gagnon CA, Provost C, Ojkic D, Abdul-Careem MF. Analysis of Whole-Genome Sequences of Infectious laryngotracheitis Virus Isolates from Poultry Flocks in Canada: Evidence of Recombination. Viruses. 2020. 12, 1302; doi:10.3390/v12111302.

Palomino-Tapia V, Mitevski D, Inglis T, van der Meer F, Martin E, Brash M, Provost C, Gagnon CA, Abdul-Careem MF. Chicken Astrovirus (CAstV) Molecular Studies Reveal Evidence of Multiple Past Recombination Events in Sequences Originated from Clinical Samples of White Chick Syndrome (WCS) in Western Canada. Viruses. 2020. Sep 28;12(10):E1096. doi: 10.3390/v12101096. PMID: 32998356.

Gagnon CA, Lalonde C, Provost C. Porcine reproductive and respiratory syndrome virus whole-genome sequencing efficacy with field clinical samples using a poly(A)-tail viral genome purification method. J Vet Diagn Invest. 2020. Aug 28:1040638720952411. doi: 10.1177/1040638720952411. Online ahead of print. PMID: 32856560.

Lalonde C, Provost C, Gagnon CA. Whole genome sequencing of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) from field clinical samples improves the genomic surveillance of the virus. J Clin Microbiol. 2020. Aug 12:JCM.00097-20. doi: 10.1128/JCM.00097-20. Online ahead of print. PMID: 32817228.

Le Net R, Provost C, Lalonde C, Régimbald L, Vézina F, Gagnon CA, Lair S. Whole Genome Sequincing of an Avipoxvirus Associated with Infections in a Group of Aviary-Housed Snow Buntings (Plectrophenax Nivalis). J Zoo Wildl Med. 2020. Jan 9;50(4):803-812. doi: 10.1638/2018-0102. PMID: 31926510.

Publications de nos clients

Type d’échantillon :

Nous avons développé une expertise dans le séquençage d’échantillons très variés, tels que :

Virus isolés/purifiés
Souches bactériennes isolées
ARN
ADN
cDNA
Identification, séquençage du génome entier à partir d’échantillons cliniques (fèces, tissus, sérum, etc.)
Échantillons AmpliSeq
Échantillons fixés ou paraffinés
Autres

Il est important de noter que la charge microbienne et le type d’échantillon vont grandement affecter la qualité du séquençage. Pour plus d’informations, veillez, svp, contacter notre laboratoire.

Réalisations

Séquençage de génomes viraux complets

Virus Influenza porcin
Virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP; artérivirus)
Poxvirus aviaire
Réovirus aviaire
Virus de la bronchite infectieuse aviaire (IBV; coronavirus)
Virus de la laryngotrachéite infectieuse aviaire (ILTV; herpèsvirus)
Virus de la diarrhée épidémique porcine (VDEP; coronavirus)
Bactériophages
Adénovirus aviaire
Virus de l’entérite hémorragique de dinde (HEV; adénovirus)
Rotavirus porcin
Souches virales d’origine vaccinale
Virus de la diarrhée virale bovine (VBVD; pestivirus)
Sapelovirus
Astrovirus
Virus hémagglutinant de l’encéphalomyélite porcine (PHEV; coronavirus)

Séquençage de génomes bactériens complets

Actinobacillus pleuropneumoniae
Actinobacillus suis
Bordetella bronchiseptica
Brachyspira hyodysenteriae
Escherichia coli
Glaesserella (Haemophilus) parasuis
Mycoplasma gallisepticum
Mycoplasma hemotropic
Photobacterium
Salmonella enterica
Staphylococcus aureus
Staphylococcus hyicus
Streptococcus equis
Streptococcus suis

Autres

RNASeq de cellules porcines coinfectées avec le VSRRP et le virus influenza porcin
Métagénomique de nombreux échantillons